I Jonin sono veri e propri capi squadra che delle volte fanno da maestri nelle squadre dei Genin. A loro vengono assegnate missioni più complesse come quelle di livelo A o S. Esistono poi di Jonin Speciali che sono sempre Jonin ma specializzati in campi diversi. Per esempio Ibiki Morino specializzato nella psiche umana e quindi negli interrogatori, oppure Ebisu specializzato nell'insegnamento privato.

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