Pain in passato era conosciuto come Nagato natio del Villaggio della Pioggia, un bambino che perse i genitori a causa della grande guerra insieme ai suoi due compagni Konan e Yakiro. Di Nagato si sa poco e niente ma da quello che abbiamo capito sembra essere l'allievo del ninja leggendario Jiraya il quale insegnò loro tutto ciò che sapeva fino a quando non li lasciò andare per la loro strada una volta cresciuti.
Egli è l'unico a possedere una delle più potenti abilità innate oculari esistenti, il Rinnegan (o Rin'negan). Questa abilità è addirittura più potente del Byakugan e dello Sharingan e sembra essere in grado di far "spostare" il possessore in un altro corpo. Si sa ancora molto poco di questa tecnica ma pare che ogni cerchio presente nell'occhio del ragazzo equivalga a un corpo (6 cerchi = 6 corpi).
Nel momento in cui muore Jiraya, infatti, egli riconosce subito il suo allievo ma non per l'aspetto ma per il suo modo di combattere. Le ultime parole di Jiraya infatti furono state "Quello vero non è con loro" questo significa che il vero Nagato non è tra quei sei che noi conosciamo e quindi il Pain che tutti conoscono come capo dell'Akatsuki in realtà non è quello originale ma forse solo un corpo da lui controllato a distanza.