Le missioni si dividono in 5 gradi: S, A, B, C e D.
Queste missioni vengono assegnate in base al grado del ninja: di solito ai Genin si danno le missioni livello C o D; ai Chuunin B, C e D e dal Jonin in su tutte le altre.
A volte le missioni sono semplici come una semplice caccia all'animale tuttavia non sono sempre così facili; a volte può capitare che vengano assegnate missioni come ricerca di informazioni o assassii. Ora vedremo nel dettaglio le varie missioni:

- Livello S
Sono le missioni più difficili e pericolose che sono i Jonin o addirittura i Kage eseguono. Sono classificate S perchè sono più difficili di quelle di livello A

- Livello A Missioni particolarmente difficili di estrema importanza. Vengono eseguite solo dai Jonin e se è necessario anche dal Kage in persona

- Livello B
Missioni che consistono nella protezione di uno o più uomini e vengono assegnate ai Jonin o ai Chuunin esperti

- Livello C
Missione di medio livello che vengono svolte dai Chuunin o dai Genin esperti

- Livello D
Missioni decisamente semplici che vengono assegnate ai Genin