Il chakra è la principale fonte di energia del corpo umano che si libera in 316 punti. Il chakra è composto dall'energia spirituale e l'energia fisica. Grazie all'esperienza e ai sigilli per formare le tecniche si riesce a manipolare il chakra per poi rilasciarlo.
Ci sono 5 elementi del chakra:

Tsuchi (Terra)
Hi (Fuoco)
Mizu (Acqua)
Rai (Fulmine)
Kaze (Vento)

Almeno un elemento lo possediamo già dalla nascita e con l'esperienza e l'allenamento riusciamo ad affinarlo. Una volta diventati Jonin poi si può cercare di affinare e controllare anche due o tre elementi ma questi saranno sempre più deboli rispetto quello che possediamo in natura.

Ci sono 4 tipi di chakra:

Chakra blu
E' il chakra tradizionale che tutti hanno dalla nascita.


Chakra Rosso
E' il chakra sprigionato da Kyubi (Volpe a Nove Code). E' un particolare chakra inestinguibile e infinito che non finisce mai ed è anche il più potente. Solo Naruto lo possiede.


Chakra Verde
E' il chakra dei ninja medici. Serve a guarire e curare se stessi o altri ed è in grado di curare qualunque ferita. Lo possiede per esempio Tsunade, Sakura, Shizune, Kabuto.


Chakra Viola
Il chakra viola è quello spigionato dal Sigillo Maledetto che imprime Orochimaru ai suoi seguaci. E' un chakra molto potente che però infligge gravi danni a persone che non possono resistergli. Inoltre compaiono dei segni neri su mezza parte del corpo che poi si estendono su tutta la superficie quando questo aumenta di livello.