Clan Uchiha
Il clan Uchiha fu fondato da Madara Uchiha, il primo possessore dello Sharingan e quindi il patriarca dell'abilità innata. E' il più grande e potente clan di Konoha, che si contende la fama di "clan più potente del villaggio" con gli Hyuga; fa parte di questo clan Sasuke e suo fratello Itachi ed è famoso per la sua abilità innata: lo Sharinhan. Sono inoltre i fondatori della polizia del villaggio comandata da Fugaku Uchiha il padre dei due fratelli.

Clan Hyuga
Il clan Hyuga è il secondo clan a contendersi la fama insieme a quello Uchiha. A confronto dello Sharingan, gli Hyuga hanno una diversa abilità innata: il Byakugan. Questo genere di abilità lo si riesce a riconoscere perchè tutti i suoi possessori hanno gli occhi bianchi; grazie a questa tecnica i possessori sono in grado di avere una visione a 360° e vedere nell'avversario i punti di fuori uscita del chakra. Il Byakugan ha però un punto debole: dietro la nuca la loro visuale è bloccata e questo angolo cieco per loro è fatale, per questo Neji utilizza molto più chakra per coprire questo punto cieco facendo deviare gli attacchi dei nemici o per lo meno proteggersi da dove non può localizzare l'avversario. E' divisa in due parti: la casata principale e la casata cadetta. La casata principale è quella che tramanderebbe il Byakugan mentre la casata cadetta ha il compito di proteggere i membri della casata principale e li si può riconoscere per il simbolo che portano sulla fronte a forma di X che scompare solo dopo la morte dello shinobi, bloccando l'accesso al Byakugan impedendo gli studi.

Clan Yamanaka
E' un altro dei clan di Konoha famoso per il "Capovolgimento spirituale". Questa tecnica è utile per controllare il corpo degli altri ma funziona solo se il nemico è immobile, per questo nella serie, vediamo sempre Shikamaru che utilizza la sua innata per bloccare i movimenti del nemico e solo dopo Ino che entra nel corpo dell'avversario.

Clan Nara
Un altro clan molto potente è il clan Nara famoso per la sua innata del "Controllo dell'Ombra". Questa tecnica consiste nel prolungare a piacimento la propria ombra fino al bersaglio e una volta che l'obiettivo è stato catturato dall'ombra, l'esecutore potrà manipolare i movimenti del nemico, facendo il "mimo".

Clan Akimichi
Il clan Akimichi è famoso per la loro voglia di mangiare. Vediamo infatti Chouji che ad ogni occasione ha sempre qualcosa in mezzo ai denti. Grazie alla loro stazza, però, sono in grado di utilizzare il chakra per ampliare una parte a loro piacimento nel loro corpo. 

Clan Aburame
Questo clan ha l'abilità di utilizzare gli insetti a proprio piacimento. Gli insetti si rendono molto utili per esempio durante gli inseguimenti siccome hanno capacità sensoriali e percettive addirittura migliori dei cani oppure posizionando la femmina di una qualunque specie su una persona, l'esemplare maschio della stessa specie riuscirà sempre a trovarla. Si rendono utili anche quano nel corpo del possessore viene iniettato il veleno perchè gli insetti in breve tempo riusciranno ad eliminare la tossina rendendo immune il membro del clan.

Clan Inuzuka
Il clan Inuzuka è famoso per la capacità di parlare e vivere con i cani. Ai membri di questo clan viene affidato un cane fin dalla nascita e da quel momento, il cane vivrà insieme al padrone per sempre. La loro forza sta nella collaborazione padrone-cane e si rendono molto utili durante le ricerche in quanto il loro fiuto è sviluppatissimo.